Mặc dù FIB cho khả năng tạo các chi tiết với tốc độ rất cao, và có khả năng cho độ phân giải chi tiết tương đương với kỹ thuật quang khắc chùm điện tử (kỹ thuật tạo chi tiết có độ phân giải tốt nhất hiện nay), nhưng FIB lại bị vướng phải những nhược điểm từ chính những điểm mạnh đó:

• Rìa của các chi tiết (nơi tiếp xúc trực tiếp với chùm tia iôn) dễ bị nhiễm bẩn do các iôn kim loại Ga có năng lượng cao hấp thụ vào, và do đó tính chất của rìa dễ bị thay đổi (điều này rất quan trọng trong các linh kiện mà cấu trúc rìa có thể ảnh hưởng đến tính chất của linh kiện).
• Chất lượng của các chi tiết bị phụ thuộc quá lớn vào khả năng lấy nét chùm tia (focus).
• FIB xử lý kém với các hình ảnh rời rạc.
• Điện trở suất của các mạch kim loại hàn gắn bằng FIB thường bị thay đổi do ảnh hưởng từ các chùm ion và cácbon trong hệ sputter.